Hay 2 maneras y se usa una u otra dependiendo del programa. 1) Órdenes directas de AppleScript al programa o 2) Programación de Interface GUI. Para esto último hay que activar el soporte de “Acceso a dispositivos de Ayuda” de la Preferencia de Sistema: Acceso Universal.

1) Para conocer las órdenes de AppleScript que soporta un programa abre el Editor de Scripts y elige la opción de “Abrir Diccionario” en el menú Archivo.
2) Si no encuentras el comando de AppleScript que necesitas, pero encuentras que el programa tiene un item de menu que te interesa, o que en la ayuda del programa se indica que puedes obtener tu resultado utilizando una tecla o una combinación de teclas, entonces puedes programar una acción desde AppleScript hacia la interface GUI. Esto es como mandarle que apriete unas teclas por tí en ese otro programa.